Dampak Kegiatan Pertambangan, Industri  Dan Pengusahaan Hutan Terhadap Komponen Biologi Serta  Upaya Penanggulangannya 
Suatu ekosistem (Sistem Ekologis) adalah keseluruhan  komunitas  hayati dan nir-hayati di daerah tertentu dan diantara  unsur-unsur  tersebut  terjadi hubungan timbal balik.
Menurut Undang-Undang pengelolaan Lingkungan Hidup RI No. 23 Tahun 1997, dinyatakan bahwa  ekosistem merupakan suatu tatanan kesatuan secara utuh dan menyeluruh antara segenap unsur lingkungan hidup yang saling mempengaruhi. Lingkungan  hidup  adalah  kesatuan ruang dengan semua benda,  daya,  keadaan,dan makhluk hidup, termasuk di dalamnya manusia dan perilakunya, yang mempengaruhi kelangsungan perikehidupan dan kesejahteraan manusia serta makhluk hidup lainnya.
Bagian yang  hidup  dari  lingkungan  yakni  organisme  flora,fauna, dan mikroorganisme disebut komponen hayati. Bagian  lingkungan  yang  tidak  hidup yang terdiri dari semua benda : tanah; air; udara; serta karya manusia seperti bangunan tempat tinggal, rumah ibadah, candi monumen,  jembatan,  kendaraan  ; keadaan iklim; suara, dan lainnya disebut komponen abiotik ( nir-hayati). 
Seperti diketahui bahwa antara kehidupan organisme  dengan  faktor  lingkungan abiotiknya (nir-hayati)  melakukan  interaksi  dan   interdependensi.Bentuk interaksi dan interdependensi tersebut  dimanifestasikan  secara  jelas  dalam bentuk struktur tropik /rantai (jaring-jaring) makanan; keanekaragaman hayati, dan siklus materi. 
1)      Materi disampaikan pada In House Training Kursus Singkat Pengenalan AMDAL, Kerjasama Bapedalda Dati II Kutai dengan PPLH UNMUL,  23  s/d  25   Maret   2000
2)   Staf Pengajar FKIP dan Peneliti PPLH Unmul
Ekosistem merupakan satuan  fungsional  dasar  dalam  ekologi,  mengingat bahwa didalamnya tercakup organisme dan lingkungan abiotik yang satu  terhadap lain saling mempengaruhi. Manusia sebagai  suatu  organisme,  merupakan  salah satu anggota dalam organisasi sistem tersebut , dengan demikian merupakan satu mata rantai dalam jaring-jaring kehidupan. Hubungan timbal balik yang  dinamis terjadi pula antara sesama komponen nir-hayati antara lain dalam  bentuk  daur biogeokimia yang merupakan proses utama  dalam  ekosistem. 
Hubungan  antara komponen-komponen hayati dan komponen nir-hayati menghasilkan biosistem. Terhadap unit organisasi  kehidupan  ini  kita  harus  concern  untuk  memulai pemecahan persoalan-persoalan masa kini pada tataran regional.
Komponen Dan Proses-Proses  Di Dalam Suatu Ekosistem 
Komponen-komponen  dan  proses-proses  yang   membuat   suatu   ekosistem berfungsi sebagai suatu kesatuan dapat dilihat dalam Gambar 1. Dari gambar tersebut terdapat 3 komponen dasar yakni (1) Komunitas, (2) Aliran energi dan (3) siklus materi.Ekologi ekosistem menekankan kajiannya  terhadap adanya gerakan energi dan unsur hara  (kimia)  di  antara  komponen-komponen biotik ( hayati) dan abiotik ( nir-hayati) dari ekosistem itu. 
Karena  ekosistem  merupakan  tingkat  tertinggi  dari   pengorganisasian biologi, maka semua konsep  ekologi  dapat  ditata  dalam  kerangka  ekosistem itu. Komponen-komponen biota dari setiap  ekosistem  terangkat  sebagai  rantai energi (food chain). 
Tanda panah putus-putus memperlihatkan bagaimana kedua rantai itu dipertautkan menjadi satu  jaring-jaring  hara  (food  web).  Jaring-jaring  hara  sejati biasanya memiliki  ratusan  jenis  yang  saling  dipertautkan  oleh  kebiasaan makan. Istilah-istilah  produsen,  herbivora,   karnivora   primer,   karnivora sekunder dan perombak menunjukkan tingkat-tingkat tropik (trophic levels). 
Dengan demikian tampak bahwa di dalam suatu ekosistem  terjadi  aliran  energi dalam bentuk rantai makanan (food chains).Aliran energi itu berlangsung  dari satu organisme ke organisme lain, atau dari satu tingkat  makanan  ke  tingkat makanan yang lain  (trophic  level)  membentuk  rantai  energi  atau  rantai makanan. 
Bermula dari energi sinar Matahari yang  jatuh  ke  bumi,  oleh  tumbuhan hijau baik tumbuhan berupa pohon raksasa di hutan tropis ataupun oleh tumbuhan berukuran sangat kecil (fitoplankton) di perairan, energi itu dirubah menjadi energi kimia dalam bentuk makanan .Kemampuan  tumbuhan  hijau  membuat  energi makanan sendiri itu disebut produktivitas primer.  Tumbuhan  tersebut  disebut sebagai Produsen dimakan oleh hewan (heterotroph = memakan makanan yang sudah jadi dari organisme lain)  herbivora  atau  disebut  Konsumen  I,  konsumen  I dimakan oleh hewan pemakan hewan (karnivora) atau  Konsumen  II. Konsumen  II dapat  pula  dimakan  oleh  konsumen  III,  Konsumen  IV  dan  seterusnya. Baik Produsen, Konsumen I, Konsumen II, Konsumen III setelah mati akan dimakan oleh jenis  Mikroorganisme  berupa  Bakteri,  Jamur  dan  Invertebrata  tertentu  (Dekomposer) dengan menguraikan makanan tersebut.Dari bentuk substansi  organik menjadi Detritus, unsur organik dan mineral-mineral. Hasil penguraian tersebut dimanfaatkan lagi oleh produsen, sehingga terjadi daur energi di dalam  rantai makanan tersebut. 
Urutan rantai makanan : P -----> K I -------> K II -----> K III  -------> K IV ----------> Dekomposer , dapat berubah, karena misalnya K IV tidak  hanya memangsa K III, tetapi juga memakan P atau K  lainnya-  demikian  pula  K  III memangsa juga P ,  sehingga  terjadilah  Jaring-jaring  makanan. Jaring-jaring hara adalah satuan dasar ekologis ekosistem,  sebab  di  sekitar itulah  alih energi dan alih hara terjadi.Gambar 5. memperlihatkan pola dasar  alih  energi dan alih hara dalam ekosistem yang digeneralisasikan. Herbiovora dan karnivora digabungkan menjadi konsumen (consumers) atau  biofag (biophage) yang  makan organisme hidup, untuk dibedakan dari pengurai (consumers)  atau  saprofag  (saprophage) yang makan bahan organik  mati. Gerakan  energi  dan  gerakan  hara mempunyai pola hubungan dengan lingkungan abiotik dan dengan  batas  ekosistem yang sangat berbeda. Energi mengalir di dalam ekosistem, karena diperoleh  dari luar seperti energi cahaya dari matahari dan akhirnya  hilang  dari  ekosistem sebagai  panas  yang  dilepaskan  melalui  pernapasan   pada   semua   anggota komunitas.Sebagian hara berputar dalam  ekosistem.  Tumbuhan  memperoleh  hara dari lungkang (pool) lingkungan anorganik dalam atmosfer,  air,  tanah,  atau endapan di dalam ekosistem. Hara-hara ini lewat di sekitar jaring-jaring  hara dalam bentuk molekul  organik,  tetapi  sebagian  besar  akhirnya  kembali  ke lungkang anorganik dengan hancurnya  bahan  organik  yang  mati.Sementara  itu bahan organik dan anorganik dipindahkan dari satu ekosistem ke ekosistem  lain dan ekspor dan impor yang demikian biasanya  disejajarkan  dengan  perpindahan dalam ekosistem. 
Rantai makanan dan jaring-jaring makanan itu terdapat di darat maupun  di perairan. Di darat dapat berupa Tanaman --------->  Serangga  ------->  Burung ---------> Musang ------> Serigala ----->Harimau ; di perairan biasanya berupa fitoplankton ------> Zooplankton ---------> Ikan kecil ---------> Ikan besar --------> Burung / Linsang/ Mammalia Air (Pesut). Gangguan terhadap salah satu rantai  makanan  tersebut,  akan  merusak  ekosistem  dan  menimbulkan  dampak beruntun. Di dalam tubuh organisme (termasuk  manusia),  dalam  kegiatan  kehidupannya (metabolisme  tubuhnya),  selain  mengumpulkan  makanan,  juga   dengan   tidak disengaja mengumpulkan substansi  beracun  berupa  unsur  kimia  yang  terbawa bersama makanan.Proses pengumpulan bahan beracun ini  di  dalam  tubuh  diberi istilah  bioaccumulation (Akumulasi  secara  biologis). Dengan  demikian  pada tingkat rantai atau  jaring  makanan,  terjadi  peningkatan  jumlah  substansi beracun pada tingkat makanan di  ujung  rantai,  keadaan  ini  disebut  dengan penggandaan secara  biologis  (Biological  Magnification).Pada  Ikan  diduga jumlah unsur kimia yang  tergandakan  secara  biologis  mempunyai  konsentrasi sebanyak 10  (100.000) kali sebanyak konsentrasi unsur-unsur  kimia  beracun tersebut di perairannya. Dapat dibayangkan  jumlah  unsur  tersebut  di  dalam tubuh orang yang memakan ikan tadi.  Demikianlah,  terjadinya  Kasus  Penyakit Minamata yang terkenal di Negara Jepang itu. 
Sebagian besar ekosistem berubah-ubah dari waktu ke waktu, kadang- kadang sangat cepat. Satu aliran lava gunung berapi yang baru akan segera dihuni oleh tumbuhan dan binatang dan dapat berkembang menjadi  sebuah  hutan  hujan  jika iklimnya cocok. Perubahan demikian disebut dengan suksesi (succession). Selama terjadinya  suksesi,  biota  berubah  dalam  komposisi   jenis-jenisnya,   dan lingkungan abiotik termodifikasi oleh  interaksi  antara  faktor  fisik  serta faktor kimia dan organisme. Misalnya, batuan menjadi tanah.  Selama  perubahan ini, tidak dapat dihindarkan lagi terjadi pula  perubahan  pola  dan  besarnya energi serta perubahan alih hara. 
Unsur-unsur kimia yang penting bagi kelangsungan kehidupan mengalami daur di dalam biosfer melalui jalur-jalur tertentu, dari  lingkungan  ke  organisme dan dari organisme kembali ke lingkungan. Dengan demikian unsur kimia itu dari lingkungan (udara, air, tanah) memasuki organisme hidup  melalui  rantai  dan jaring makanan dan kembali ke lingkungan.Ditinjau dari unsur kimia , organisme hidup disusun oleh 6 unsur kimia yang merupakan 95  %  dari  massa  organisme, yaitu C,O,H,N,P,S. Ada 40 unsur kimia lain  penyusun  organisme  hidup  antara lain Ca, Mg, K. Aliran dalam bentuk daur ini disebut dengan Daur  Biogeokimia. Karena  rantai  makanan  merupakan  saluran  dari  aliran  energi,  maka  daur Biogeokimia dan Aliran Energi merupakan dua proses utama yang terjadi di dalam suatu ekosistem. 
Daur Biogeokimia dapat dibadakan atas 3 macam daur, yakni : 
a) Daur Gas : C, O, N ; 
b) Daur Sedimenter : P dan S ; 
c) Daur Hidrologi  : Perputaran Air. 
Tipe-Tipe Ekosistem di Indonesia
Bioma Hutan hujan tropis yang merupakan suatu  ekosistem  yang  merupakan unit komunitas terbesar dan mudah dikenali terdiri atas formasi  vegetasi  dan hewan serta organisme lain.Di Indonesia dapat dikenal  beberapa  bioma,  yaitu (a) Hutan hujan ; (b) hutan musim ; (c) savana dan (d) padang rumput. 
Berdasarkan atas sifat-sifat ; bentuk bentangan  geografis,  habitat  dan ciri khas komunitas penyusunnya  , Wirakusumah (  1976)  membedakan  tipe-tipe ekosistem yang ada di Kalimantan Timur dapat dibedakan atas 14 tipe yakni : 
1.Ekosistem Danau ; 
2.Ekosistem Rawa Kumpai; 
3.Ekosistem Hutan Air Tawar; 
4.Ekosistem Hutan Kerangas ( heath forest); 
5.Ekosistem Batu Kapur; 
6.Ekosistem Hutan Dipterocarpacea dataran rendah (dibawah  500m;) 
7.Ekosistem Hutan Dipterocarpacea bukit ( 500 - 1000 m); 
8.Ekosistem Hutan Dipterocarpacea pegunungan ( di atas 1000 m); 
9.Ekosistem Hutan Agathis; 
10.Ekosistem Belukar; 
11.Ekosistem Alang-alang; 
12.Ekosistem Hutan Gambut; 
13.Ekosistem Hutan Mangrove dan 
14.Ekosistem Litoral dan Pulau-pulau 
Tipe Ekosistem Hutan Tropika Basah Dataran Rendah 
Hutan hujan tropis adalah suatu tipe dengan karakteristik tertentu serta mempunyai ekosistem tersendiri, terdapat  pada  daerah  yang  beriklim  selalu basah dengan curah hujan rata-rata bulanan tidak kurang dari 100 mm, merupakan komunitas kompleks yang umumnya terdiri dari tumbuhan berkayu dengan  berbagai ukuran, tumbuhan pemanjat  dan  epifit.  Pohon-pohon  dalam  masyarakat  hutan tropis basah banyak sekali  jenisnya  dan  bervariasi  ukurannya  .Pohon-pohon besar mempunyai tinggi antara 46 - 55 m, walapun ada diantaranya yang melebihi 60 m ( Richards, 1964). 
Hutan alam di Kalimantan (Timur) termasuk ke dalam formasi hutan  tropis Indo-Malaya yang merupakan salah satu formasi hutan tropis  yang  terdapat  di dunia (Whitmore, 1975). Hujan yang terjadi terus menerus di sepanjang tahun dan suhu tinggi di  lantai hutan. Kondisi ini menyebabkan pelapukan bahan organik  terjadi  dengan  cepat yang kemudian diikuti oleh pencucian  hara.  Produksi  serasah  sangat  tinggi disertai proses dekomposisi dan penyerapan hara  kembali  oleh  tumbuhan  yang cepat. Karena iklim yang mantap, putaran hara  yang  tertutup  disertai  waktu yang cukup lama, maka dimensi pohon di hutan hujan tropis biasanya tinggi  dan  besar. Kondisi pohon  di  hutan  tropis  tersebut  memberi  kesan  seolah-olah tingkat  kesuburan  tanah  yang  mendukung   hutan   ini   sangat   tinggi   (Brotokusumo,1985). 
Hutan hujan tropis dataran rendah sangat kaya  akan  jenis  tumbuhan.Dari 20.000 jenis pohon yang ada di kawasan hutan Malayasia yang  meliputi  kawasan semenanjung  Malaya,  Sumatera,  Kalimantan,  Philipina  sampai  Papua  Nugini diantaranya 4.000 jenis terdapat di Pulau Kalimantan.Kawasan  hutan  Malayasia ini umumnya didominir oleh jenis-jenis  dari  suku  Dipterocarpaceae,  yang menurut Ashton (1982)  terdapat  sekitar  380  spesies  tersebar  di  seluruh kawasan dan diantaranya 300 spesies terdapat dalam hutan primer di Kalimantan. 
Ekosistem Perairan Tawar 
Menurut  taksiran  Dinas  Perikanan  lebih  kurang  10  %  dari   wilayah Kalimantan Timur berupa perairan umum, yaitu  sungai-sungai  dan  rawa  seluas lebih kurang 2.500.323 ha dan Danau 92.937 ha. Yang  dimaksud  dengan  rawa  di sini adalah dataran-dataran rendah sepanjang sungai atau  sekitar  danau  yang kadang-kadang terkena pelimpahan air  dalam  musim  hujan,  waktu  pasang  dan bahkan pada waktu-waktu lainnya juga.Luas danau yang  tertera  merupakan  luas maksimum pada waktu pasang penuh dan berkurang  apabila  air  surut.  Sebagian besar  perairan  umum  berada  di  Kabupaten  Kutai  yang  luas   sungai   dan rawa-rawanya ditaksir 1.582.576 ha dan danaunya 91.120  ha.  Data  pada  tahun 1992, luas perairan umum di Kabupaten Kutai mencapai 199.407,32 ha  dan  48  % diantaranya merupakan perairan danau yang jumlahnya 76 buah  dan  tersebar  di wilayah DAS Mahakam bagian tengah.Untuk keperluan perikanan diperkirakan hanya 40 % dari areal perairan umum itu yang bersifat produktif. 
Perairan danau yang luas di Kabupaten Kutai yakni Danau  Semayang,  Danau Melintang, Danau Jempang merupakan cekungan aluvial yang cukup luas (Singgih, dkk, 1992).Keadaan debit airnya berfluktuasi ditentukan oleh musim dan  pasang surut sungai Mahakam, begitu juga dengan kualitas  airnya  dengan  pH  5-6,air berwarna coklat kekuning-kuningan/cerah.Keadaan  pH  ini  diduga  mempengaruhi pergerakan masuk keluarnya ikan-ikan tertentu dan pesut  Mahakam  dari  Sungai Mahakam ke Danau Semayang, Danau Melintang dan sebaliknya. 
Curah hujan rata-rata di DAS Mahakam ini dari tahun 1987-1991  sebesar 1.879 mm, rata-rata hari hujan 92 hari  dengan  kondisi  iklim  termasuk  tipe iklim basah dari Schmidt dan Ferguson.Pada saat musim  kemarau  sebagian  rawa menjadi kering dan danau-danau  menjadi  dangkal,  bahkan  pada  puncak  musim kemarau kedalaman danau hanya  mencapai  0.5-1.0  m,  sebagian  besar  Danau mengalami kekeringan, hanya tersisa alur-alur air di tengahnya. 
Jenis fauna yang menggunakan ekosistem danau  sebagai  habitatnya  adalah terutama pesut Mahakam, burung dan beberapa jenis ikan (4 jenis dari  familia Anabantidae; 2 Ophiocephaloidei;  3  Ariidae;  1  Bagridae,  2  Pangasidae;  2 Clariidae; Mastacembelidae; 10 Cyprinidae; 1 siluridae;1 Bagridae dan 1  jenis dari Scorpaenidae) (Anonim, 1993). 
Stratifikasi Danau di  daerah  ini  dibedakan  atas  epilimnion;  lapisan metalimnion dan hipolimnion.Di daerah ini dapat jelas adanya mintakat litoral, mintakat limnetik dan mintakat  profundal.  Mintakat  litoral  adalah  wilayah berair  dangkal  dimana  penetrasi  cahaya  dapat  mencapai  dasar   perairan. Cirikhasnya adalah terdapatnya vegetasi berakar di danau-danau alam.  Mintakat limnetik adalah wilayah perairan yang terbuka (tidak dibatasi  tepian  danau) dari  permukaan  air  sampai  kedalaman  konpensasi,  yaitu  kedalaman  dimana intensitas  cahaya  mencapai  nilai  dimana   fotosintesis   seimbang   dengan respirasi.Pada umumnya nilai ini sama dengan 1 %  intensitas  cahaya  matahari yang mencapai permukaan air. Komunitas jasad di sini terdiri plankton,  nekton dan  kadang-kadang  nueston.Sedangkan  mintakat  profundal   merupakan   dasar perairan yang lapisan air di atasnya tidak  lagi  mengalami  penetrasi  cahaya matahari yang efektif, sehingga pada daerah ini sangat terbatas kehidupan.Hasil produksi perikanan  dari  perairan  Danau,  Sungai  dan  rawa  yang luasnya 104.707 ha, pada waktu musim hujan dan ditambah pula dengan +  500.000 ha daerah banjir diperkirakan mampu menghasilkan ikan sebanyak 20.000 - 35.000 ton per tahun dengan taksiran pendapatan dari daerah ini mencapai lebih dari 4 milyar rupiah per tahun (TAD, 1987). Fauna yang  terdapat  di  perairan  umum yang terpenting ialah jenis-jenis ikan, kura-kura air tawar, ular  air/besisi, ikan hias dan pesut (Orcaella brevirostris). 
Jenis-jenis ikan Kalimantan Timur telah lama menjadi sumber ekonomi  yang penting bagi rakyat. Selain dikonsumsi di Kalimantan Timur sendiri  dipasarkan juga diekspor ke luar  negeri.  Jenis-jenis  ikan  ekonomis  penting  tersebut berupa udang (antara lain udang galah atau Macrobrachium sp.), patin  ( Helicophagus  typus), gabus (Ophiocephalus striatus), repang (Puntius javanicus), baung (Macrones nemurus), kendia (Thynichthys  vailanti),  jelawat  (Leptobarbus  hoeveni), sepat siam (Trichogaster pectoralis), biawan (Helostoma teminci), dll Jenis-jenis ikan hias belum banyak diteliti  di  Kalimantan  Timur.  Akan tetapi dari pengamatan-pengamatan serta referensi  yang  ada  diketahui  bahwa Kalimantan  Timur  mengandung  potensi  jenis-jenis  ikan  hias   air   tawar. Jenis-jenis ikan hias ini terdapat di perairan sungai Muara Kaman sampai Muara Ancalong serta di daerah Hulu Mahakam yang terdapat banyak riamnya Jenis-jenis buaya terdapat  pada  perairan  sungai  banyak  ditemukan  di rawa-rawa, akan tetapi juga  sering  ditemukan  di  muara-muara  sungai.  Juga penelitian    tentang    buaya    di Kalimantan Timur    belum    banyak dilakukan.Jenis-jenis buaya yang ada  ialah  buaya  hitam  dan  buaya  kuning. 
Beberapa puluh tahun yang lalu banyak sekali ditemukan, namun saat  ini  sudah jarang bahkan sangat sukar sekali ditemukan.Hal ini akibat perburuan  terhadap buaya ini meningkat untuk diekspor kulitnya. Jenis kura-kura air tawar yang dikenal masyarakat  terdapat  di  sungai-sungai Kecamatan Pasir  Belengkong,  Kabupaten  Pasir  dan  Kecamatan  Muara  Muntai, Kabupaten Kutai untuk diambil telurnya. 
Ekosistem Laut 
Ekosistem laut merupakan lingkungan hidup manusia yang  terluas.Kepulauan Indonesia memiliki ribuan pulau besar  dan  kecil  dengan  garis  pantai  yang sangat panjang, salah satu yang terpanjang di  dunia  (81.000  km)   setelah garis pantai Kanada. Laut merupakan cadangan terbesar untuk bahan-bahan mineral, energi  dan  bahan makanan.Persediaan Mn di laut dikatakan lebih kurang  1000  kali  dibandingkan dengan persediaan di darat, selain itu masih banyak bahan-bahan  mineral  yang terdapat dalam air laut, termasuk minyak bumi. 
Pada dasarnya perairan laut Indonesia terdiri atas dua paparan benua yang dangkal (Sunda dan Sahul) yang dipisahkan  oleh  laut  dan  selat-selat  yang dalam.Suhu lapisan permukaan berkisar antara 26 - 30   C , dengan kadar  garam 27- 33 ppt. Secara horizontal laut biasanya dibagi menjadi dua bagian utama, yakni neritik (perairan pantai) dan Oseanik ( laut terbuka), dengan batas  biasanya  sampai ke dalaman 200 m. Secara vertikal, dibedakan atas Supra littoral  ;  littoral; 
Sublittoral; Bathial; Abissal dan Hadal. 
Daerah laut yang produktif adalah daerah yang  dalamnya  maksimal  200  m dpl. Di sini endapan  mineral  oleh  gerakan  air  laut  dapat  naik  lagi  ke permukaan  dan  kemudian  dipergunakan  oleh  fitoplankton   untuk   membentuk jaring-jaring kehidupan.Meskipun perairan pantai  (neritik)  hanya  meliputi kira-kira 10 % dari perairan laut, tetapi produksi perikannya lebih dari 90  % dari total produksi.Laut merupakan satu-satunya sumber  protein yang  sempurna susunannya, karena ikan/hewan  laut  memiliki  hampir  20  jenis  asam  amino. Bandingkan protein dari tumbuhan / hewan darat hanya  mengandung  maksimal  10 jenis asam amino. 
Selain sebagai cadangan sumber bahan-bahan mineral,energi  dan  makanan laut merupakan pula daerah sumber kehidupan banyak burung yang sangat  berguna untuk pertanian (pembentukan pupuk guano  oleh  burung  laut),  daerah-daerah rekreasi. 
Di perairan Indonesia juga terdapat berbagai  keunikan  komunitas  hayati tropis yang khas dan berada di ekosistem laut, yakni Terumbu  karang  (coral reeffs), Hutan bakau (Mangrove), Rumput laut (Sea-grass).Komunitas-komunitas tersebut biasanya berkembang di perairan pantai dan mempunyai  fungsi  penting yang bermacam-macam, antara lain ; sebagai pelindung pantai untuk tempat berpijah,tumbuh, mencari makan dan perlindungan bagi banyak jenis-jenis ikan yang berpotensi ekonomi. Oleh  karena  itu  mutlak  perlu  agar  sebagian komunitas-komunitas itu dilindungi. 
Ekosistem-ekosistem Pesisir/Pantai 
Wilayah pesisir merupakan wilayah pertemuan ( interface) antara darat dan laut; ke arah darat, ditentukan sebagai wilayah daratan yang tergenang ataupun tidak tergenang yang dipengaruhi oleh proses-proses kelautan  seperti  pasang, angin laut, dan intrusi garam ; ke arah laut, ditentukan sebagai wilayah  laut yang dipengaruhi  oleh  proses-proses  alami  daratan  (land  base)  seperti sedimentasi,  masuknya  air  tawar,  dan  kegiatan-kegiatan  manusia   seperti pencemaran  dan  penebangan  hutan  (Kosoebiono,dkk,1982  dalam  Dahuri  dan Lestari, 1993). 
Secara  khas  wilayah  pesisir  merupakan  sebuah  tempat  dari  beberapa ekosistem, yang keberadaanya tidak terisolasi antar satu dengan  yang  lainnya melainkan merupakan satu matarantai. Hal ini  disebabkan  oleh  adanya  aliran energi   dan   aliran   makanan   diantara    ekosistem-ekosistem    tersebut, ketergantungan fisik, persamaan  dalam  toleransi  fisik  antara  satu  sistem dengan yang lainnya serta terdapatnya organisme-organisme yang  mendiami  satu ekosistem akan tetapi menghabiskan sebagian daur hidupnya pada ekosistem  yang lain (Burbridge dan Maragos, 1985). Contoh seperangkat  ekosistem  yang  saling  berhubungan  di  wilayah  pesisir negara-negara tropis adalah mata rantai antara hutan mangrove,  padang  lamun, serta terumbu  karang.  Terdapat  lima  jenis  interaksi  utama  antar  ketiga ekosistem yang kompleks ini, yaitu : faktor fisika, aliran makanan  dan  bahan organik terlarut (dissolve organic matter), aliran partikel bahan  organik  (particulate organic matter), migrasi hewan serta adanya akibat  dari  kegiatan manusia (Ogden dan Gladfelter, 1983). 
Perpindahan materi dan energi  di  antara  ekosistem-ekosistem  di  dalam wilayah pesisir ini baik antara  wilayah  pesisir  dengan  sistem  lahan  atas ataupun dengan sistem lepas pantai  hampir  keseluruhannya  melalui  perairan. Selain itu juga  dipergunakan  di  dalam  setiap  kegiatan  ekonomi,  budidaya pertanian, budidaya  perikanan,  pengangkutan,  rekreasi  dan  turisme,  serta sebagai tempat pembuangan limbah.Jadi perairan dapat  dipertimbangkan  sebagai suatu sistem kekuatan terpadu yang besar bagi wilayah pesisir (Clarck, 1985). 
a. Ekosistem Hutan Mangrove 
Ekosistem ini merupakan ekosistem hutan yang toleran  terhadap  salinitas air dan terdapat di wilayah pasang surut di daerah tropis  dan  sub  tropis.Di Asia Tenggara tercatat 30 jenis dengan variasi florestik yang  erat  kaitannya dengan variasi habitat satu ke habitat lainnya.Di Kalimantan Timur, luas hutan Mangrove diperkirakan 562.000 ha (Wirakusumah, 1978) dan menyebar dari pantai Timur bagian utara samai selatan.9 (Estuaria  S.Adang,  S.Mahakam,  S.Berau, S.Bulongan dan S. Sesayap dan estuari  sungai-sungai  kecil). Dari  arah  laut, vegetasi di daerah ini dapat dibagi menjadi tiga zona yakni zona pertumbuhan (yang ditumbuhi oleh aneka ragam  jenis  bakau-bakauan),  zona  mantap  (yang didominasi oleh pohon-pohon nipah ), dan zona yang  lebih  banyak  dipengaruhi oleh air tawar. 
Di bagian terdepan yang terbuka, spesies Sonneratia caseolaris  membentuk tegakan yang rendah kerapatannya.Avicenia  officenalis  yang  berbentuk  pohon sampai setinggi 20 meter membentuk tegakan yang makin ke belakang makin  rapat sampai jarak tertentu.Makin ke belakang, kemudian berasosiasi dengan  Bruguera dan Rhizopora dan Alqiceras yang berbentuk semak.Pada tanah yang telah  stabil di tempat terbuka ini dijumpai Acrostichum aureum  Ldan  Acanthus  ilicofolius L.Makin ke arah hulu kemudian dihuni Rhizopora mucronata yang memiliki  volume kayu komersil tertinggi di bandingkan dengan Bruguera parvifolia dan Bruguera sexagulata.  Pada dataran lumpur yang kosong di  pelopori  oleh  Sonneratia,  kemudian diikuti tegakan Avicenia yang makin jauh ke  dalam  makin  padat  sampai  pada jarak tertentu  menipis  lagi  dan  mulai  bercampur  dengan  Acrostichum.  Di belakangnya baru terdapat nipah atau spesies lain.



